Foreningen ble stiftet 4. juni 1840 av Frederik Moltke Bugge, rektor ved Trondhjems
Katedralskole. Han var medlem av skolekommisjonen som ble oppnevnt av regjeringen i 1839, og befant seg av den grunn i Kristiania på den tiden. Formålet var å støtte humanistene i kampen mot fremadstormende, radikale realister som gikk inn for en total omdannelse av det høyere skolevesen. Blant annet ønsket de å erstatte "den klassiske dannelse" med " et mer moderne språk". Foreningen skulle "fremme Philologiens og Pædagogikens studium".
I begynnelsen ble foreningen ledet av kandidater og eldre pedagoger. På de ukentlige møtene var det foredragsplikt for med-lemmene, noe som kan ha bidratt til at foreningen ble oppløst i 1845. Filologisk Forenings senere historie er preget av mange kritiske perioder og dødsfall med påfølgende gjenoppstandelser.
I 1857 ble FF en studentforening beregnet på "de philologiske studerende" og yngre kandidater. Forskjellige tiltak ble satt i verk for å holde medlemstilslutningen ved like. I 1860-årene arrangerte man blant annet toddy- eller punsjbord etter de ordinære møtene, til avholdsfolkets forargelse.
Foreningen opphørte som ren studentforening i 1870-årene, og ble i stedet en forening for "philologer i sin almindelighet", for så å bli delt opp i grupper etter fagstudiene i 1884. Fra 1880 begynte man å holde jubileumsfester som sammen med ordenspromosjoner bidro til å holde foreningen flytende. Dette var tradisjonspregede arrangementer med nøye nedtegnede ritualer. I prosesjonene marsjerte opptil fire herolder med blikktrompeter inn foran de øvrige, som kom i rekkefølge bestemt av gradene av Dend Ypperligste Ugles Orden - riddere, kommandører og stor-moguler, hvorav de siste var de gjeveste. Og ikke minst ble det sunget. Hva som ble sunget varierte nok en del, men fra 1915 var det særlig uglehymnen, Aurea ulula.
Rundt århundreskiftet var FF inne i en stille periode, men fra ca. 1910 blomstret den opp, og i tiden rundt 1. verdenskrig hadde foreningen nok en gang stablet seg på bena. Da DNS ble oppløst under 2. verdenskrig, fikk medlemstallet og møtebesøket i FF et voldsomt oppsving, frem til universitetet ble stengt i 1943. Etter krigen gikk imidlertid aktiviteten i foreningen tilbake, og siden da var den svært vekslende frem til foreningen forsvant en gang i løpet av 70-årene.